Anthropicは水曜、Claudeがバクテリオファージのゲノムから、これまで性質が明らかになっていなかった酵素システムを自律的に特定したと発表した。同社はこの発見を、社内ライフサイエンス研究グループとウェットラボの立ち上げに合わせてプレプリントとして公表する。
要点
- およそ950体のClaudeエージェントが21時間、2億1000万トークンを費やしてDNA配列データベースを精査。20万件を超える逆転写酵素を集め、3500の候補システムを20本の報告書に絞り込んだ。
- あるエージェントが、通常と異なる逆転写酵素の隣に並ぶタンデム反復配列を指摘した。CRISPRを思わせる構成で、Anthropicはこれを配列関連逆転写酵素（ART）と呼んでいる。
- プレプリントに目を通したCRISPR研究の先駆者フェン・チャン氏は、RNA反復配列は確かに興味深く、さらなる検討に値すると述べた。
Claudeが実際に見つけたもの
逆転写酵素はRNAをDNAへ写し戻す。近年は数百のファミリーが目録化され、その大半は細菌由来で、細菌では微生物の免疫機構の一部をなす。ほぼすべてはゲノムマイニングによる発見だ。配列データベースで正体不明の遺伝子を探し、変わったものに気づき、その働きを突き止めるという手順である。
このシステムの中心にある逆転写酵素はジャンボファージから見つかったもので、以前の研究ですでに記載されていた。誰も記録していなかったのは、その隣人のほうだ。等間隔に並ぶ非コードDNAの反復配列と、機能未知の補助タンパク質である。三つを合わせると、ARTはごく少数のシステムでしか確認されていない特徴の組み合わせを備えることになる。そしてそれらのシステムはいずれもプログラム可能で、DNAを切る、写す、貼るといった操作ができる。Anthropicの初期実験では、ART配列は互いに異なる短いRNA群へ転写された。CRISPR配列がCRISPR-Casツールに標的指定用のガイド配列を供給するのと同じ仕組みだ。
ARTの機能はいまだ不明であり、同社もその点を明言している。追加実験は進行中だ。
探索はどう進められたか
人間の指示はプロンプトで止まった。研究者はClaudeに、大規模なDNA配列データベースから興味深い新しい逆転写酵素の例を探すよう依頼した。そこから先は、どのファミリーを調べるか、どの候補が報告書に値するかをエージェント自身が選んでいる。同社によれば、この実行には約950体のエージェントと2億1000万トークンが21時間にわたって投じられ、同じ解析を専門家が行えば数週間から数か月かかるという。
発見の瞬間はエージェント自身の記録に残っており、処理パイプラインのログというより大学院生の手記のように読める。エージェントはその配列を「素晴らしい」と書き、タンデム反復配列が目で見て取れると述べた。続いて反復単位を数え、間隔を測り、既知の逆転写酵素システムと構成を比べ、先行報告がないか文献を検索したうえで、人間のレビュー用に報告書を提出した。
このレビューが速度調節弁になっている。Claudeは関連論文を読み、公開データで確立済みの結果を再現して自分の手法を点検し、候補ごとに根拠を添えて機能を提案し、そのうえで根拠を批判的に検討し直す。候補の大半が脱落するのはこの段階だ。一連の調査が、試す価値のある候補1件で終わることもあれば、ゼロで終わることもある。実験作業はすべて人間の研究者がベイエリアの施設で行う。この施設はBSL-1とBSL-2の範囲に限定され、ヒト病原体は扱わないと同社は今月初めに認めている。
なぜ重要なのか
仮説を立てる作業が十分に安くなった結果、Anthropicはいま仮説そのものを研究対象にしている。試す価値のある提案と、自社の科学者が捨てる提案を分けるものは何かを問い、その答えをClaudeへの指示に反映させる。これは「AIが発見した」という主張とは別の話だ。希少な資源が、候補を生み出すことから候補を選り分けることへ移ったということである。
Anthropicの発表に載ったチャン氏の評価は抑制的で、興味深い、検討に値するという範囲にとどまる。新しいゲノム編集ツールが登場したという主張ではない。ARTがプログラム可能かどうかは、トークン予算ではなく実験室で決着する経験的な問いだ。同社は、外部の研究者がゲノミクスをはじめ各分野の課題を持ち込むことを望んでいるとしている。
FAQ — よくある質問
ARTはCRISPRのような新しいゲノム編集ツールなのか
現時点では違い、今後もそうならない可能性がある。ARTは、酵素と、短いRNAとして発現するDNA反復配列が組になるという構造上のパターンをCRISPRと共有しているが、生物学的な機能はまだ特定されていない。Anthropicは、動作の仕組みを突き止める実験が現在も進行中だとしている。
実験もClaudeが行ったのか
いいえ。実験台での作業はすべて、Anthropicのベイエリア研究室で人間の科学者が行っている。Claudeが担ったのはデータベース検索、候補の絞り込み、報告書の作成で、その後は実験データの解釈を補助する。
元になった研究はどこで読めるのか
AnthropicはARTシステムをより詳しく扱ったプレプリントと技術報告書を公開しており、いずれも発表記事からリンクされている。同社は結果を初期段階のものと位置づけ、システムの機能が解明される前に共有するとしている。
